Como cualquier otro origen de palabras o nombres hay varias versiones. La mas popular es:

Según cuenta la leyenda el nombre canguro habría surgido al preguntar los occidentales el nombre de aquel animal y ser esto lo que respondían los aborígenes australianos: Kan Ghu Ru; su significado sin embargo no sería el nombre del animal sino, simplemente les decían no entiendo su pregunta.

Sin embargo es más aceptable este otro origen del termino Canguro:

La palabra canguro deriva de gangurru, una palabra del Guugu Yimidhirr (una lengua aborigen australiana), que se refería al canguro gris. El nombre fue escrito por primera vez (en su versión inglesa kangaroo por el Teniente (luego Capitán) James Cook, el 4 de agosto de 1770.

Fuente: Wikipedia.org