En 1901 el naciente Comité Olímpico Internacional (COI) determinó que además de los Juegos, que habrían de celebrarse cada cuatro años en diferentes ciudades, habría otros juegos cuatrienales que siempre se celebrarían en Atenas. Ambas modalidades no debían coincidir en el calendario y entre unos y otros habría siempre un lapso de dos años.
La primera edición se debía llevar a cabo en 1902; pero como la fecha estaba muy próxima, se programó para 1906. Pierre de Coubertin no estaba de acuerdo con la celebración de estos juegos intermedio, pero el COI prestó todo su apoyo a las autoridades griegas. El encuentro resulto mucho más exitoso que los Juegos de 1900, 1904 y 1908. Su organización fue mejor y su duración se concentró en pocos días, lo que permitió conseguir un mejor control en general.